L’ Istituto è stato fondato nell’ottobre 1982, con sede presso il Dipartimento di Matematica dell’Università di Bari quando vari Istituti delle Facoltà di Scienze, Ingegneria, Medicina ed Economia e Commercio ritennero necessaria la presenza di un Istituto CNR che coltivasse gli aspetti applicativi della matematica e mettesse la sua esperienza a disposizione della comunità scientifica e delle industrie ed enti locali; dal maggio 1993 e’ stato dotato di una sede autonoma. E’ stato diretto dal 1983 al 1985 dal Prof. D. Trigiante, dal 1986 al 1994 dal Prof. V. Capasso; dal 1995 al 2002 diretto dal Prof. R. Peluso. Nel 2002, a seguito del riordino dell'Ente, sotto la responsabilità del dott. Nicola Mastronardi, e’ diventato sede barese dell'Istituto per le Applicazioni del Calcolo" M. Picone (IAC), uno dei maggiori istituti di matematica applicata del CNR la cui storia risale al 1927 quando fu fondato da Mauro Picone che è stato un matematico italiano conosciuto soprattutto per la sua opera di animatore della matematica applicata attraverso la sua direzione dell'Istituto per le Applicazioni del Calcolo.